De basis van het Veenkoloniaal Museum is in 1911 gelegd door burgemeester Eltjo van Beresteyn (1876-1948), die in het gemeentehuis de eerste voorwerpen ‘van belang voor de historie’ bewaarde. Deze collectie is door burgemeester Fokke Jacob de Zee (1874-1950) verder uitgebouwd.
Op 15 december 1939 is de stichting Veenkoloniaal Museum te Veendam opgericht. Deze stichting komt voort uit de ‘Vereeniging voor Veenkoloniale Oudheidkunde’.

Officieel stelt de stichting zich ten doel: ‘Het bevorderen van de kennis van de vroegere en hedendaagse culturele, sociale en economische ontwikkelingen van de Veenkoloniën. Het museum tracht dit doel te bereiken door het bijeenbrengen, onderhouden en tentoonstellen van alles wat in de ruimste zin met betrekking tot de Groninger Veenkoloniën historisch van belang wordt geacht, alsmede datgene, waarvan mag worden verwacht dat het eens historische waarde zal bezitten.’

Het museum specialiseert zich de laatste jaren, naast  prehistorie en vervening vooral op de 19de eeuw, waarbij de nadruk komt te liggen op de Veenkoloniale zeevaart die in de 19de eeuw tot grote bloei komt en er vanuit de Groninger Veenkoloniën regelmatig koers Oostzee wordt gezet. Tevens is er aandacht voor de aardappelzetmeel- en (stro)kartonindustrie die eind 19de eeuw een grote vlucht neemt en nog steeds voor de regio een rol van betekenis heeft.   

Daarnaast richt het museum dankzij de inzet van mede oprichter en oud Ploeglid Geert Hendrik Streurman (1892-1976)  zich sinds de oprichting op kunstexposities. In 1941 organiseert het museum de eerste kustexpositie met werken van de Veluwse kunstenaar Dorus Roovers, die korte tijd later in onze regio zal onderduiken. Door oorlogsomstandigheden worden er geen wisseltentoonstellingen meer georganiseerd. In 1947 pakt men de draad weer op. 

Het Veenkoloniaal Museum werkt anno nu met een team van 4 Fte en dit team wordt bij de werkzaamheden ondersteunt door meer dan 100 enthousiaste vrijwilligers. De stichting kent een bestuur en een Raad van Advies die vier keer per jaar bijeen komen.  

Het Veenkoloniaal Museum is sinds 1999 een Geregistreerd Museum en opgenomen in het Museumregister. Het doel van museumregistratie is het zichtbaar maken, bewaken en verbeteren van de kwaliteit van de Nederlandse musea ten behoeve van het verantwoord beheer van het museale erfgoed in Nederland.