Het Veenkoloniaal Museum werd officieel in 1939 opgericht, maar bestond al eerder als privé-verzameling van burgemeester De Zee en Van Beresteyn. De bestuursvorm is een stichting en bestaat uit een Bestuur en een Raad van Advies.

De stichting stelt zich ten doel: ‘Het bevorderen van de kennis van de vroegere en hedendaagse culturele, sociale en economische ontwikkelingen van de Veenkoloniën. Het museum tracht dit doel te bereiken door het bijeenbrengen, onderhouden en tentoonstellen van alles wat in de ruimste zin met betrekking tot de Groninger Veenkoloniën historisch van belang wordt geacht, alsmede datgene, waarvan mag worden verwacht dat het eens historische waarde zal bezitten.’

Deze uit 1939 daterende omschrijving is op zich zeer breed, en niet meer geheel van deze tijd. Nieuwe inzichten dwingen ons om te specialiseren. De overheid accepteert niet zo maar dat men van alles en nog wat gaat verzamelen. Men zal zich moeten specialiseren op zijn sterkste punten. In het collectieplan is vooruitlopend op de museumnormering hier rekening mee gehouden. In het collectieplan is het verzamelbeleid beperkt tot vier totems, te weten Mesolithicum, vervening, Veenkoloniale zeevaart, landbouw- en landbouwindustrie. Vooral de laatste twee zijn voor het museum sterke troeven omdat er nergens anders in Nederland aan dit thema aandacht wordt besteed.

Het Veenkoloniaal Museum is geregistreerd bij het Museumregister.

Het Museumregister is een register van museale instellingen die aantoonbaar voldoen aan criteria voor een kwalitatief hoogwaardige invulling van de functies van een museum. Deze criteria zijn samengevat in de Museumnorm. Het beheer van het Museumregister wordt uitgevoerd door de onafhankelijke stichting Museumregister Nederland. Het doel van museumregistratie is het zichtbaar maken, bewaken en verbeteren van de kwaliteit van de Nederlandse musea ten behoeve van het verantwoord beheer van het museale erfgoed in Nederland.